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- 悪魔の箱内に収録されている、外伝的な話です。
- 問題は全12問、レイトン教授の研究室内を調べることでナゾを見つけていきます。
- ヒントメダルはこれ専用に設定してあり、使用しても本編（悪魔の箱）の枚数が減ることはありません。
- が、全部で10枚しかなく、また見つけることはないため全て使用するとそれ以降ヒントを見ることはできません（クリアしたものを除く）。
- ナゾを解く毎にシュレーダーメモが1つが開かれます。
- 解く問題がバラバラであっても、開かれるメモは左上から。
- セーブデータは一つだけです。
- 一度解いたナゾはナゾノートから挑戦できます。
| No. | ナゾタイトル | ピカラット | ジャンル | 場所/ポイント | 備考 |
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| ナゾ001 | 9はいくつある？ | 30 | 文字入力問題 | 本棚上段 | |
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| ナゾ002 | サイコロの目 | 50 | 文字入力問題 | ソファー | |
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| ナゾ003 | リンゴの虫 | 60 | スライドパズル | テーブルの上のリンゴ | |
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| ナゾ004 | 紙の重なり | 40 | 文字入力問題 | 本棚と机の間 | |
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| ナゾ005 | 結び目ができる？ | 40 | 表示選択 | 左下の古紙 | |
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| ナゾ006 | 何の数字？ | 50 | 文字入力問題 | 左側の棚 | |
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| ナゾ007 | 教授の帽子箱 | 40 | ボタン選択 | 箱の上のシルクハット | |
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| ナゾ008 | ニワトリとヒヨコ | 40 | 線引き問題 | 本棚中段 | |
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| ナゾ009 | 島巡り | 30 | 線引き問題 | 窓右上の額 | |
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| ナゾ010 | 迷路の扉 | 30 | 表示選択 | かざってあるオベリスク | |
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| ナゾ011 | 電線パズル | 50 | パネル配置問題 | 机の上のスタンド | |
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| ナゾ012 | 仲間はずれ | 40 | ボタン選択 | 左上の水晶玉 | |
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